阿賴耶識如何生死流轉呢？這要從佛法上的十二緣起觀說起。
四、十二緣起的生命觀
十二緣起，又稱十二因緣，亦稱十二有支。這是依因果法則，以開示有情生命三世相續的真相。
十二緣起，是無明緣行，行緣識，識緣名色，名色緣六入，六入緣觸，觸緣受，受緣愛，愛緣取，取緣有，有緣生，生緣老死。這其中，無明是過去之惑，行是過去之業，由識至受五支是現在苦果；愛，取二支是現在之惑，有是現在之業，生和老死是未來的苦果。這樣由惑造業，由業受苦，由苦而復惑，因惑復造業，復受苦，就是有情生命流轉的惡性循環。但在這循環中因業受苦的根本，就是上節所說的阿賴耶識。
生命的來源，由于無始以來本性因染成識，因妄想執著造作之業力寄托于識中，此識復受業力支配，在六道中輪回升沉。因此，我們可以在此說出生命的奧秘，那就是，生命的根本，是阿賴耶識——也就是俗稱的靈魂。生命自六道而來，復往六道而去——事實上也無所謂來去，只是這個識，受著業力的牽引，在這六類眾生的生命之流里，扮演著各種不同的角色。一旦因緣會合，生入人道，那就成了五蘊和合的我。
其實，識與名色結合的生命，並不一定就是人，不過三界六道，以人為中心，所以我們在討論生活問題時，亦假設以人為對象。假設說，神識以過去業力之因，生入人道，那麼在十二因緣的現在果報上說，就是倒識入胎，與父精母卯結合而成生命。此生命發育至六根具備，出生人間，漸次成長，由眼耳鼻舌身意六根對色聲香昧觸法六塵的感觸，而有苦樂的感受。這便是十二因緣中的識、名色、六入、觸、受五支。
有了苦樂的感受，就會躲避痛苦，追求快樂，此不獨于人，動物皆然。既然追求快樂，自然就有貪愛——貪財愛色，爭名奪利。然而過份擴張自己，就難免不影響別人。少數人快樂，多數人難免痛苦，痛苦的人為了求得快樂，又不兔再把自己的快樂，建立在別人的痛苦上——當然，人群中也有舍己為人的仁人志士，克己安份的善良人民。但人的行為不管是善是惡，起心動意，皆是業種。這業種印入藏識——阿賴耶識中，以業的善惡，支配未來的生命——善者超升，惡者沉淪，一切皆自己造作，沒有什麼上帝和神 支配。以上是十二緣起中現在三因的愛、取、有，三支。
未來之果呢？則由現在之業因，再去受生，再去受報，再作業，再老死，依然在生命之流里，延續無盡。